ماء الزعتر له مفعول مقوي يدعم وظيفة الجسم السوي ومقوي لجهاز المناعة حيث يحتوي ماء الزعتر على زيت طيار بنسبة 0.8 - 1.5% و يعتبر ماء الزعتر مطهر طبيعي لاحتوائه على الثيمول فيفيد عند استعماله خارجياً أو داخلياً للجهاز التنفسي والجهاز الهضمي ومطهر للأمعاء ومضاد للتعفن .

- إنّ أشهر فوائد ماء الزعتر العطريّ والتي ربّما تفيد الكثير الناس هو مساعدة الجسم على خسارة الوزن بشكل طبيعيّ حيث له خاصيّة إذابة الدهون وقد ثبت أنّه من خلال المواظبة على شرب ماء الزعتر العطريّ تتعدّى الخسارة العشرة كيلو غرامات كل شهر حيث يساعد في التسريع من الاستقلاب في الجسم.

- ويُعتبر أيضاً خافضاً للكولسترول.

- للزعتر العطريّ القدرة على ضبط السكّر في الدمّ وخاصّة عند المرضى الذي يعانون من إصابتهم بداء السكّري كما أنّه له القدرة العاليّة في ضبط ضغط الدمّ.

- هو علاجٌ فعّال لأعراض المغص وهو بدوره يساعد في طرد الديدان والتخلّص منها من الأمعاء لكونه يعتبر مطهّراً أيضاً للجهاز الهضميّ.

- إضافة لكونه طارداً للغازات ومعالجاً لعسر الهضم وهو مدرّ للبول ويقوم بتحسين أداء الدورة الدمويّة.

- وهو أيضاً مضاداً للعفونة نتيجة الالتهابات التي قد تصيب شتّى أنحاء الجسم.

 - له قدرة بالغة في تسكين الألم إذ يعتبر من المهدئات الطبيعيّة وخاصّة لألم الأسنان والحلق إذ يعمل كمعقّم يُستعمل أيضاً كمقشّع وخاصة عند المرضى المصابين بالربو وأيضاً لالتهابات القصبات وفي حال الإصابة بنزلات البرد والالتهابات الشعبيّة.

- وأيضاً مهدّئاً للسعال حيث يُزيل البلغم ويُستعمل أيضاً للمصابين بالشاهوق ومرض ذات الجنب وهو من أفضل العلاجات الطبيعيّة لمرض السعال الديكيّ الذي يصيب الأطفال.

 - يمكن استعمال ماء الزعتر العطريّ عند الإلتهابات التي تصيب اللّثة أو التهابات الحنجرة وأيضاً القرح الفمويّة حيث يستعمل كغرغرة.

 - يعتبر ماء الزعتر مرخياً عضليّاً حالاً للتشنّجات التي تصيب العضلات هنالك بعض الأبحاث والدراسات التي أجريت على ماء الزعتر العطريّ.

-  قد بيّنت بأنّ له مفعولاً مقوّيّاً لوظائف الجسم وخاصّة لجهاز المناعة ويُفضّل أن لا يخفّف مع السكّريّات وخاصّة عند المرضى المصابين بداء السكري بل يفضّل تخفيفه بالماء.